下屬部門：運管中心辦公室、工程技術部、船舶運維部。 

　　工作職責：負責編制海洋科學綜合考察能力發展規劃；負責中國科學院海洋科學考察船隊的建設與運行；規范管理船舶、探測實驗裝備、碼頭、岸基支撐平臺和技術隊伍；組織協調大科學工程建設和裝置運行；統籌科學考察航次的執行和數據樣品匯交工作、科學考察船隊的信息宣傳和國際交流與合作。負責保障船舶、探測實驗裝備科學、有效運行。 

　　掛靠機構：大科學裝置辦公室、海洋環境工程中心